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基因芯片原理和優(yōu)勢：

Affymetrix公司開發(fā)的寡聚核苷酸原位光刻專利技術(shù)，利用此技術(shù)用很少的步驟可合成大量的DNA陣列。 Affymetrix的原位合成技術(shù)可制作的點(diǎn)陣密度高達(dá)106~1010/cm2。

首先使固相片基羥基化，并用光敏保護(hù)基團(tuán)將其保護(hù)起來，然后選取適當(dāng)?shù)谋芄饽ぃ╩ask）使需要聚合的部位透光，其他部位不透光。這樣，當(dāng)光通過避光膜照射到支持物上時，受光部位的羥基就會發(fā)生脫保護(hù)而活化，從而可以反應(yīng)結(jié)合堿基。由于參與合成的堿基單體一端可以進(jìn)行固相合成，另一端受光敏基團(tuán)的保護(hù)，所以原位合成后，可進(jìn)行下一輪的光照、脫保護(hù)和固相合成。循環(huán)下去，不斷改變避光膜的透光位點(diǎn)，就可以實(shí)現(xiàn)在同一玻片上合成成千上萬種預(yù)定序列的寡核苷酸探針。
GeneChip獨(dú)特的PM-MM探針設(shè)計(jì)
基因芯片雜交的靈敏度和特異性是芯片技術(shù)的核心，Affymetrix在探討了各種各樣的影響因素后，設(shè)計(jì)出了一種獨(dú)特的PM-MM探針方案（見下圖）。芯片上的每一個基因或EST都是由一個或幾個探針組(probe set)組成，每組探針組又由11-20對25mer的探針對(probe pair)組成，每探針對包括兩個探針池(probe cell)，其中一個是完全匹配（Perfect-Match，PM）的，另外一個是序列中間有一個堿基錯配的(Mis-match, MM)。

獨(dú)特的PM-MM探針設(shè)計(jì)的優(yōu)勢
特異性好
靈敏度高
定量準(zhǔn)確、重復(fù)性好
提供樣品質(zhì)控
特異性的提高
相比cDNA芯片和單一序列的寡核苷酸芯片，Affymetrix設(shè)計(jì)多個短的探針片段，可以有效的區(qū)分有同源性的基因序列，克服了背景噪聲、錯誤和偏差，避免了同源性靶序列與探針交叉雜交，而引起的假陽性和判斷錯誤。25mer長度的寡核苷酸的信號強(qiáng)度和分辨率達(dá)到了一個平衡，在這個長度下，有一個堿基發(fā)生錯配，雜交復(fù)合物就會變得很不穩(wěn)定。如果長度達(dá)到60mer，就無法區(qū)分序列上十分接近的序列了。此外, 從多個探針位點(diǎn)檢測的熒光信號，經(jīng)過綜合評估、統(tǒng)計(jì)計(jì)算和分析，獲得的數(shù)據(jù)比單個探針判斷樣品是否存在某一靶序列的數(shù)據(jù)更為可靠。

靈敏度的提高
在PM-MM探針設(shè)計(jì)中，MM探針是有效的內(nèi)參照，它們與PM探針一樣可以和非特異性序列結(jié)合，這樣，就可以將不同來源的樣品中的背景信號有效的定量扣除。這種獨(dú)特的設(shè)計(jì)對于區(qū)分特異性和非特異性雜交是相當(dāng)靈敏的。比較那些單一的基因探針來說，PM-MM探針的高特異性和靈敏度更適合檢測低豐度表達(dá)的基因。如下圖，僅用PM探針與聯(lián)合應(yīng)用PM-MM探針檢測靶序列的靈敏度比較

如上圖所示，將已克隆的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物以不同的濃度摻入到組織樣品中，在組織樣品中是不含有原始的克隆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的。經(jīng)過標(biāo)記的樣品與Affymetrix Genechip人類基因組芯片雜交，在克隆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物濃度低于8pM時，PM單獨(dú)探針無法探測出相應(yīng)的濃度變化，而與MM探針聯(lián)合使用則可以探測出。PM-MM探針對的使用可以探測出的樣品中轉(zhuǎn)錄物的范圍為1:100,000-1:300,000。PM-MM探針對照設(shè)計(jì)可提高對復(fù)雜背景特異性檢測，使得靈敏度與特異性之間達(dá)到一個優(yōu)化的平衡。
定量準(zhǔn)確、重復(fù)性好
Affymetrix的基因芯片好的重復(fù)性使得某一樣品中基因表達(dá)的絕對水平是可靠的，還使得比較不同樣品之間各種基因表達(dá)的相對比例是可靠的，而雙色法需在每次雜交檢測中設(shè)置對照，只能進(jìn)行兩個樣品之間的比較，芯片之間的比較并不可靠。Affymetrix進(jìn)行多個樣品之間的比較時，只需在多個樣本中設(shè)置對照即可。
兩次制備的同一樣本，不同批次的芯片

不同芯片間、不同批次樣品間實(shí)驗(yàn)結(jié)果吻合極好，保證了多張芯片間的比較的有效、可靠性。 Ishii等比較了GeneChip技術(shù)和SAGE之后得出結(jié)論認(rèn)為：用這兩種方法檢測獲得的結(jié)果符合得很好，無論是用來進(jìn)行絕對表達(dá)水平的檢測還是比較樣品之間的基因表達(dá)水平的檢測。
Aach 等報(bào)告了他們試圖努力將不同分析方法獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合和系統(tǒng)分析的工作，他們發(fā)現(xiàn)：Affymetrix 和SAGE檢測獲得的數(shù)據(jù)可直接用于mRNA相對表達(dá)水平的估計(jì)，而雙色法得到的數(shù)據(jù)尚需進(jìn)一步的討論。
GeneChip嚴(yán)密的質(zhì)控步驟
樣品制備
芯片狀況
系統(tǒng)運(yùn)轉(zhuǎn)
樣品制備
在總RNA提取及cRNA制備好后，分別進(jìn)行分光光度計(jì)的量檢、變性膠電泳的質(zhì)檢探針組設(shè)計(jì)可以了解到基因各個部位的信號值情況，其中3’,5’信號值比值作為判斷樣品RNA的完整性的指標(biāo)在芯片結(jié)果報(bào)告中將給出相關(guān)數(shù)據(jù)。
芯片狀況
在雜交混合液中加入oligo B2 ，在芯片的掃描結(jié)果上如果可以清晰的看到四周、中心以及芯片名稱的圖樣，證明芯片的各項(xiàng)常規(guī)參數(shù)正常。
通過芯片上的看家基因?qū)π酒|(zhì)量進(jìn)行評定通過參入對照基因bioB，bioc，bioD and cre對芯片的靈敏度進(jìn)行評定
系統(tǒng)運(yùn)轉(zhuǎn)
加入對照基因bioB，bioc，bioD and cre除了可以質(zhì)控芯片的靈敏度外他們還是雜交、洗滌、掃描過程的質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)。
另外儀器本身還規(guī)定有一定的噪音值背景值質(zhì)控儀器的運(yùn)轉(zhuǎn)。
GeneChip種類齊全，應(yīng)用廣泛
Affymetrix公司具有強(qiáng)大的研發(fā)力量，目前提供世界上種類繁多、基因數(shù)目較多的各類基因芯片，有人、大鼠、小鼠、果蠅和擬南芥等多種模式生物的基因表達(dá)譜芯片，用于SNP研究的DNA 分析芯片及研究癌癥和藥物代謝的健康檢測芯片等。
Affymetrix公司的基因芯片產(chǎn)品在世界范圍內(nèi)已廣泛應(yīng)用于人類疾病的分子機(jī)理、 腫瘤分型、藥物篩選、免疫學(xué)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因調(diào)控、細(xì)胞周期與凋亡、藥物代謝與毒理、神經(jīng)發(fā)育與分化、SNP分析、細(xì)菌基因組研究以及植物基因調(diào)控等各個方向，并取得了巨大的成功。
（Utility Patent：US2004191807A1 產(chǎn)品詳情請參考公司服務(wù)項(xiàng)目目錄或電話400-885-1861咨詢）

基因芯片服務(wù)項(xiàng)目和產(chǎn)品介紹：
上海邃志生物科技有限公司擁有Affymetrix公司4套新一代的芯片分析平臺：GeneChip 3000 Target Genotyping System,配備有4通道掃描的Scanner 30007Gplus和可滿足大規(guī)?；蚪M篩查的自動裝片機(jī)，適合Affymetrix所推出的任何種類的芯片，可為您提供Affymetrix公司的 GeneChip系列產(chǎn)品包括：
⑴ 人全基因組表達(dá)譜芯片
⑵ 小鼠、大鼠等動物全基因組表達(dá)譜芯片
⑶ 水稻、擬南芥等植物表達(dá)譜芯片
⑷ 人SNP6.0分析芯片
⑸ 人Tilling全基因組掃描芯片
⑹ 外顯子芯片
更多產(chǎn)品：
1.Human Expression Genome Arrays
Human Genome U133 Plus 2.0 Array
Human Exon 1.0 ST Array
Human Gene 1.0 ST Array
Human Genome U133A?
Human Genome Focus Array
Human Tiling Arrays
Human Promoter 1.0 Array?
2.Mouse Expression Genome Arrays
Mouse Genome 430 2.0 Array
Mouse Genome 430A 2.0 Array
Mouse Expression 430A Array
Mouse Exon 1.0 ST Array
Mouse Gene 1.0 ST Array
Mouse Tiling Arrays
Mouse Promoter 1.0R Array
3.Rat Expression Genome Arrays
Rat Genome 230 2.0 Array
Rat Exon 1.0 ST Array
Rat Gene 1.0 ST Array
4.Human DNA (SNP Genotyping) Analysis Arrays
Mapping 10K Xba 131 Array
Mapping 10K 2.0 Xba Array
Mapping 50K Xba Array
Mapping 50K Hind Array
Mapping 250K Nsp Array
Mapping 250K Sty Array?
5.Other Arrays
Arabidopsis ATH1 Genome Array
Arabidopsis Tiling 1.0R Array
Barley Genome Array
Bovine Genome Array
B. subtilis Genome Array
Canine Genome 2.0 Array
C. elegans Genome Array
Chicken Genome Array
Citrus Genome Array
Cotton Genome Array
Drosophila Genome 2.0 Array
Drosophila Genome Array?
E. coli Genome 2.0 Array?
E. Coli Antisense Genome Array
Maize Genome Array
Medicago Genome Array
P. auruginosa Genome Array
Plasmodium/Anopheles Genome Array
Poplar Genome Array
Porcine Genome Array
Rhesus Macaque Genome Array
Rice Genome Array
S. aureus Genome Array
Soybean Genome Array
Sugar Cane Genome Array
Test3 Array
Tomato Genome Array
V. vinifera Genome Array
Wheat Genome Array
Xenopus tropicalis Genome Array
Xenopus laevis Genome Array
Yeast Genome 2.0 Array
Yeast Genome S98 Array
Zebrafish Genome Array